上海在东面，寸瑞中学在西面，面对着附属于大学的高中。如果说优越的地理环境、漂亮的新校舍和优良的教学设备是我们学校最大的内在优势。先进的教育理念、人性化的管理和合理的教师结构是我们学校的基础。
1999年9月，在上海基础教育设施整顿和祁连房地产开发的背景下，祁连第二小学成立。大部分学校领导和教师来自原祁连中心学校及其下属的乡村学校。2000年下半年，学校开始了“当前形势下儿童科学思想的培养”课题的研究。2001年，为了使竞赛更加有趣、系统、有效和可操作，学校建立了“儿童科学探索隧道”,并开始探索和试验新的教育方案。这条隧道充分体现了学校以儿童为本和科学教育的理念，是少先队员在学校争取一系列规章制度的主要阵地。我们的目标是通过隧道内的科普特色活动，为学生提供一个学习科学知识、培养科学精神的基地，不仅是为了我们学校，也是为了周边所有学校，最终形成一个共享特色资源和成果的网络。“儿童科学探索隧道”是学校开展儿童科学教育和少先队鹰活动的重要场所。也是学校实施陶行知先生儿童科学教育的窗口。我们致力于把它变成科学知识学习的园地、科学能力应用的基地、科学精神培育的基地，真正成为“做中学、做中学”的乐园。2002年，“儿童科学探索隧道”被命名为“英特尔上海青年科学教育基地”。
在区继续教育学院教学部门的指导和帮助下，学校的特色教育研究取得了很大进展。2002年，“科学探索隧道系列竞赛”获“第十届上海青年创新大赛”宝山区科技活动二等奖、优秀组织三等奖、科普活动三等奖。“想象21世纪——少先队科普阅读活动”荣获上海市先进集体。《文汇报》、《解放日报》、《上海科技报》、《宝山日报》、《上海教育》、《上海辅导员杂志》等媒体纷纷报道我校的特色教育。年末，学校被华东师范大学朱志庭教授领导的“国家重点课题”小组授予“现代信息技术理论与实践实验基地”称号。
